2021年5月8日，杨某某向咸丰县劳动人事争议仲裁委员会申请仲裁，请求确认其自1999年3月起至今与某煤矿公司存在事实劳动关系。咸丰县劳动人事争议仲裁委员会裁决：杨某某与某煤矿公司自1999年3月至今存在事实劳动关系。煤矿公司不服，向法院提起了诉讼。

根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十二条“劳动者有下列情形之一的，用人单位不得依照本法第四十条、第四十一条的规定解除劳动合同：

（一）从事接触职业病危害作业的劳动者未进行离岗前职业健康检查，或者疑似职业病病人在诊断或者医学观察期间的；

（二）在本单位患职业病或者因工负伤并被确认丧失或者部分丧失劳动能力的……”的规定，结合本案认定的事实，杨某某在离岗前已被诊断为“尘肺待排”，但此后并未进一步安排杨某某进行检查，其离岗前也未进行职业健康检查，在该情形下，用人单位不得解除与劳动者的劳动关系。

煤矿公司提出杨某某系自动离职的主张，应当承担相应的举证责任，但其未能提供证据证实，应承担举证不能的不利后果，对该主张，本院不予支持。其提出公司在2018年已经关闭的事实，并不属于《中华人民共和国劳动合同法》第四十四条关于劳动合同终止的情形，本院不予支持。

综上所述，杨某某与恩施州某煤矿公司自1999年3月至今存在事实劳动关系。